L'endolinfa è contenuta all'interno del labirinto membranoso, ha un'alta concentrazione di potassio e ridotta di sodio, mentre magnesio e cloro sono simili alla perilinfa. La sua alterazione può essere causa di fenomeni patologici come la malattia di Ménière. 

La perilinfa è un liquido contenuto tra il labirinto osseo e il labirinto membranoso e nella scala timpanica e vestibolare della coclea. La sua funzione è differente: evita che il labirinto membranoso urti contro il labirinto osseo mentre nella coclea è coinvolta nella percezione dei suoni. La composizione ionica della perilinfa rispetto all'endolinfa è ricca di sodio e povera di potassio.

L'endolinfa, il cui studio è difficile a causa delle piccole quantità (nanolitri), si trova all'interno del labirinto membranoso dell'orecchio interno e, in particolare, nella scala media della coclea, a diretto contatto con le ciglia delle cellule sensoriali, nei canali semicircolari, nel sacculo e nell'utricolo. 

La perilinfa è contenuta nella coclea, all'interno del dotto timpanico e dotto vestibolare. Anche in questo caso lo studio è difficile perché la quantità contenuta nell'orecchio è veramente molto bassa (microlitri). 

La sindrome di Ménière (così chiamata per il primo medico che la descrisse) è un disturbo caratterizzato da episodi ricorrenti di vertigini invalidanti, ipoacusia fluttuante e acufeni. Secondo alcuni studi, al momento messi in parziale discussione, l’origine di questo disturbo sarebbe da collegarsi all'alterazione della pressione dei liquidi dell'orecchio interno. Infatti, fisiopatologicamente la malattia di Ménière è determinata da uno squilibrio pressorio tra i liquidi endolinfatico e perilinfatico che conduce sia ad un aumento del volume dell'endolinfa (idrope), sia alla composizione dei liquidi stessi.